Fel nifer o adeiladau eraill ym Mae Colwyn, daeth Gwesty’r Metropole dan reolaeth y Llywodraeth yn ystod Yr Ail Ryfel Byd. Roedd angen llety ar staff y Weinyddiaeth Fwyd a oedd wedi eu symud o Lundain i leoliad mwy diogel yng Ngogledd Cymru.
Drwy gydol y rhyfel defnyddiwyd hen Westy Bae Colwyn ar y promenâd fel pencadlys cenedlaethol y Weinyddiaeth. Daeth Ysgol Rydal a Choleg Penrhos dan reolaeth y Weinyddiaeth. Cafodd disgyblion a staff Ysgol Rydal eu symud i Fwlch Sychnant, Conwy a’r rheini a oedd ym Mhenrhos i Chatsworth House, Swydd Derby. Roedd y Weinyddiaeth yn dal 35 o westai, siop a bloc o fflatiau hefyd.
Er i ddogni bwyd barhau am rai blynyddoedd wedi’r rhyfel, yn raddol fe ddychwelodd y Weinyddiaeth a’i staff i Lundain ar ôl 1945. Roedd y fyddin gref o weinyddwyr dogni wedi lleihau i 130 pan adawodd yr adran olaf – yr Adran Cyllid Pobi – ar Fedi’r 29ain 1956.

